El Tribunal Económico-Administrativo Central (TEAC), en la resolución n.º 3742/2024, de 27 de octubre de 2025, sienta doctrina sobre la deducibilidad de cuotas de IVA soportado correspondientes a facturas no registradas en el sistema de Suministro Inmediato de Información (SII) al inicio de un procedimiento de comprobación.

Alcance de la comprobación y cuestiones planteadas

En el marco de unas actuaciones de comprobación e investigación de un grupo de entidades, entre otras cuestiones, la Inspección eliminó la deducción de determinadas cuotas de IVA soportado declaradas en el modelo 322 que no estaban anotadas en el libro registro de facturas recibidas del SII en el momento de iniciarse las actuaciones de comprobación (pero sí lo estaban al terminar las actuaciones inspectoras).

Frente a ello, la entidad defendía la deducibilidad de dichas cuotas con independencia de su registro en el SII, alegando que la contabilización no es un requisito sustancial para ejercer el derecho a la deducción y que los incumplimientos eran formales.

Interpretación del artículo 99.Tres de la LIVA

El TEAC recuerda el contenido del artículo 99.Tres de la LIVA, según el cual, cuando haya mediado requerimiento de la Administración o actuación inspectora, serán deducibles en las liquidaciones que procedan las cuotas soportadas que estuviesen debidamente contabilizadas en los libros registros establecidos reglamentariamente, mientras que las cuotas no contabilizadas deberán deducirse en la declaración-liquidación del período correspondiente a su contabilización o en las de los siguientes, dentro del plazo de cuatro años.

Con base en lo sentado en otras resoluciones previas, el TEAC distingue entre situaciones en las que las cuotas ya estaban registradas antes de la actuación y aquellas otras en las que las cuotas no estaban registradas al iniciarse la comprobación. En este último caso, las cuotas no pueden deducirse en la regularización resultante de la actuación, sin perjuicio de su deducción posterior dentro del plazo de cuatro años.

SII y llevanza de los libros registro a través de la sede electrónica

El Tribunal recuerda que el artículo 62.6 del RIVA obliga a determinados sujetos pasivos a llevar los libros registro a través de la sede electrónica de la AEAT mediante el SII. Ello implica que el contribuyente deja de confeccionar y conservar los libros por sí mismo y pasa a suministrar electrónicamente los registros de facturación, de forma que la ausencia de suministro de la información equivale, a efectos de control, a la no llevanza de los Libros registro o a la no contabilización de las cuotas.

En el caso examinado, al iniciarse las actuaciones las cuotas regularizadas no se hallaban debidamente registradas en el SII, siendo las posteriores correcciones irrelevantes a efectos de la aplicación del artículo 99.Tres de la Ley del IVA.

Criterio: las cuotas no contabilizadas antes de la comprobación no son deducibles en la regularización

El TEAC concluye que no son deducibles las cuotas de IVA soportadas por el obligado tributario (distintas de las de adquisiciones intracomunitarias de bienes y otros supuestos de inversión del sujeto pasivo) que, cuando se iniciaron los procedimientos de comprobación por parte de la Administración, no estaban debidamente contabilizadas en los libros registros llevados a través de la sede electrónica de la AEAT (SII).

De acuerdo con el artículo 99.Tres de la LIVA serán deducibles aquellas cuotas de IVA soportadas que estén contabilizadas cuando se inicie una actuación comprobadora por parte de la Administración, sin que puedan deducirse, en la regularización resultante de dicho procedimiento, cuotas no contabilizadas de manera previa al inicio de este.

Esas cuotas no contabilizadas serán, sin embargo, deducibles en la declaración-liquidación del período correspondiente a su contabilización o en las de los siguientes períodos, siempre que no hubiera transcurrido el plazo de cuatro años, contados a partir del nacimiento del mencionado derecho.

Tratamiento específico de AIB, inversión del sujeto pasivo e importaciones

En la regularización, la Inspección no cuestionó la deducción de las cuotas soportadas correspondientes a adquisiciones intracomunitarias de bienes y otros supuestos de inversión del sujeto pasivo, aunque no estuvieran registradas en el SII, por no apreciarse riesgo de pérdida de ingresos fiscales, al compensarse la deuda y el derecho a deducir.

En cambio, respecto del IVA a la importación liquidado por la aduana e incluido en las autoliquidaciones mediante el sistema de diferimiento, el TEAC considera que, conforme a su doctrina previa, no procede denegar la deducción de dichas cuotas por el solo hecho de no estar registradas en el SII, siempre que concurran los requisitos materiales del derecho a la deducción y no exista actuación abusiva o fraudulenta.

Doctrina reiterada

Con todo ello, el Tribunal reitera el criterio ya fijado en su resolución n.º 5888/2023, de 26 de noviembre de 2024, y consolida la interpretación de que, mediando actuación de comprobación, la deducibilidad en la regularización de las cuotas de IVA soportado queda condicionada a su previa contabilización en los libros registro llevados a través del SII, con las excepciones indicadas para determinadas operaciones sin riesgo de pérdida de ingresos fiscales.